EVA新世纪福音战士（03版）

公元2000年8月，葛城考察队到达南极，他们发现的巨大人形生命体，实际上是Adam与Lilith的融合体。葛城的计划是攫取或控制Adam与Lilith的S^2机关，将Adam与Lilith分离并缩小后用于人类未来的补完计划。但是有件事他不知道，Adam与Lilith无论是融合还是分离都会释放巨大的爆炸能量和反ATField力，这就与核聚变与核裂变都会产生大爆炸与冲击波的原理一样，只是爆炸当量不同。所以尽管Adam与Lilith分离所造成的灾难不会灭亡全部人类，但却将杀死地球上的一半人口。而十六年后的第三次冲击是Adam与Lilith的重新融合，整个世界都将再劫难逃了。 　　根据对“第二次冲击”的调查，联合国在日本箱根成立人工进化研究所（即GEHIRN）从事EVA的发展研究，后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。 　　另一方面，联合国属下的秘密组织Seele为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。 　　2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源度开始执行“碇源度版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。 　　2015年开始，根据Seele人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻，NERV组织EVA消灭使徒。碇真嗣被父亲召回驾驶初号机，并结识绫波丽等人。故事就开始……