普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。
在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！
捡回一命的藤木户，从此成为「忍者杀手」，专门追杀忍者，為了复仇而战！
以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕！
