当Alex它们还在非洲度假时,企鹅四贱客早已回到了纽约动物园,并且继续执行它们的秘密任务,并帮助动物园里的动物们。在动物园里,它们认识了一些朋友,而且在马达加斯加自称为王的狐猴朱利安国王和它的“小跟班”Maurice(莫里斯)和Mort也来到了动物园。