《神奇宝贝第一部》说的是一个宠物精灵研究家史本瑟海利教授,正在专注于一个名叫安奥的宠物精灵的研究。拥有强大力量而又难以捉摸的安奥,由26个象字母一样的神秘图案所组成,它们的神奇力量在于能够把人的想法和梦境变成现实,但这种现实一个与我们完全隔绝的世界,这种神奇力量突然把教授带到了另一个世界,就如同两年前研究安奥时他妻子消失一样。
而他们的女儿莫莉,就这样失去了爸爸妈妈,一个人守着空荡荡的房子,孤孤单单。安奥感知了她的孤独,要把她的愿望变成现实,希望能将妈妈从解救出来,并使她们重新回到现实世界中来。
小智
出身自关都地区的真新镇,最初在EP001中登场。准备旅行时,由于迟到没能得到梦寐以求的小火龙、妙蛙种子与杰尼龟其一,大木交给他一只不愿进入精灵球的调皮的皮卡丘(皮卡丘一开始并不听他的话)。
皮卡丘
小智的第一只神奇宝贝。 在第一代推出的口袋妖怪红、蓝、绿中会是这样一个不起眼的神奇宝贝捕获了玩家的心。皮卡丘的突然火爆或许并不是偶然,在当时任天堂设计的150号神奇宝贝中,这个长着一张天生讨人喜欢的脸的25号神奇宝贝,被绝大多数的玩家所认同,旋起了一股皮卡丘热潮。从25号这个数字就可以看出,任天堂设计之初并没有把皮卡丘作为游戏的重点,在红宝石、蓝宝石、绿宝石中,这只神奇宝贝也并没有被重点刻画,乍看之下,与其他怪物神奇宝贝并没有太多出彩的地方。
小霞
行为像男孩的顽固少女,在四个姐妹之中,她是最年轻的。对她的姐姐生腻,她离开道馆后,为了成为世界最伟大的水系神奇宝贝训练家而出发。当她在真新镇和常磐市之间的河流钓鱼时,她“捕获”到了小智。后来她与小智、小刚和小建在关都、橘子群岛与城都地方旅行。
小刚
总是一副眯眯眼,为人非常细心,擅长做各种家事及料理,有九个弟妹,对漂亮大姐姐毫无抵抗力,具有分辨不同城镇的乔伊、君莎的能力,煮饭洗碗是乐趣,照顾神奇宝贝是职业,看到大姐姐就冲过去……是不想改也改不了的天性。出发旅行时的目标是成为神奇宝贝饲育家,后来决定成为一名神奇宝贝医生。